The small boat was bobbing up and down in the waves.

bobbing 是动词 bob 的现在分词形式。bob 的意思是"上下快速移动"或"轻轻摆动"，常用来描述物体在水面上随波浪起伏的动作。bobbing up and down 描述的就是这种在水面上有节奏地上下浮动的状态。