After the heavy rain, floodwaters quickly started submerging the low-lying farmlands.

submerging 是动词 submerge 的现在分词形式。submerge 由前缀 sub-（表示"在...之下"）和词根 merge（"浸入、合并"）组成，意思是"淹没、浸没"。submerging 在这里表示"正在淹没"的动作。