学校规定迟到三次以上的学生将被惩罚。

The school penalizes students who are late more than three times.

penalizes 是动词 penalize 的第三人称单数形式。penalize 由名词 penalty（惩罚）加上动词后缀 -ize 构成，意思是"对...施加惩罚"或"处罚"。这个词强调对违规行为采取正式的纪律处分措施。