It was raining in the morning, but the weather cleared up by noon.

clear 的基本意思是"清除、变干净"，这里指天气"变晴朗"。 up 作为副词，常与动词搭配表示"完全、彻底"的意思。 clear up 这个短语动词在这里指天气"完全放晴"，从阴雨转为晴朗。