Her explanation didn't help me understand the problem what.

what 在这里是关系代词，引导名词性从句，指代"问题"的具体内容。在句子中相当于"the thing that"，表示"那个...的东西/内容"。 what 引导的从句"what the problem was"整体作为understand的宾语，补充说明"理解"的具体对象是什么。