There is a big difference between these two ideas.

big 最常见的意思是“大的”，指尺寸、体积大。从这个意思引申出另一个用法——形容事物“重要的、重大的”，强调其影响或意义，而非物理尺寸。本句中 big 修饰 difference，表示这个区别是重要的、显著的。