It's already nine o'clock, and time is running late.

It's 是 it is 的缩写形式，it 在这里指代时间，is 是系动词表示状态。 already 是副词，意思是"已经"，表示某事发生的时间比预期的要早或强调事情已经完成。 running late 是一个固定短语，run 在这里表示"流逝"，late 表示"晚的"，合起来表示"时间正在变晚"或"时间不多了"。