The editor returned the marked-up manuscript with many notes and corrections.

marked-up 是由动词短语 mark up 的过去分词形式构成的形容词。mark 意思是"做标记"，up 在这里加强动作的完成性。marked-up 合起来表示"被做过标记的、带有批注的"，用来描述被编辑修改过的手稿。