The doctor found that the patient's liver had pathologically changed.

pathologically 是形容词 pathological 的副词形式，由名词 pathology（病理学）加上形容词后缀 -ical 构成，表示"与病理学相关的"或"由疾病引起的"。作为副词，它修饰动词 changed，表示"以病理学的方式发生变化"。