Working late nights compromises your immune system.

compromises 是动词 compromise 的第三人称单数形式。compromise 由前缀 com-（表示"共同"）和 promise（承诺）组成，原意是"双方互相让步达成协议"，引申为"损害、危及"，指因让步或妥协而导致某方面受损。在这里指"损害免疫系统"的功能。