The instructions were written confusingly, making it hard to understand.

confusingly 是形容词 confusing（令人困惑的）加上副词后缀 -ly 构成的副词形式，表示"以令人困惑的方式"。在这里修饰动词 written，说明"说明书是以令人困惑的方式书写的"。